Ольга (o_berezinskaya) wrote,
Ольга
o_berezinskaya

Кто я?

Как весна топит снега, так мое желание подтачивает облачную хмарь. Я выхожу, когда ватное небесное одеяло прорезается иссиня синими шелковыми вставками, легко ступаю на уже высохший асфальт, и отправляюсь на вокал. И думаю я о том, что в этот самый день с синими прорезями я узнала что-то новое (о себе?).

Я узнала, что те 2% финской крови, что во мне текут, пошли по мужской линии Поповых. Сама эта линия интересна. Это отец отца отца отца... и вглубь вглубь: Попов, Попов, Попов,... А если посмотреть оттуда, из глуби, получается - у каждого мужчины был сын, вот просто у каждого - столетиями. И вот был какой-то пра-пра-пра-пра-пра-прадед моего прадеда Петра Попова, того кучерявого блондина который переплыл Днестр, чтоб не участвовать в гражданской войне, который родом из-под Одессы, и потом, когда румыны предлагали поменять ему гражданство, отвечал: я родился русским и умру русским, вот у этого южного прадеда-красавца предок когда-то был совсем не русским, пришел с севера, из Финляндии. И был он, конечно, никакой не Попов. И я думала, это означает, что кто-то из потомков сменил фамилию, но Ваня говорит: фамилий тогда не было, то есть кто-то из потомков по мужской линии просто стал священником, попом, хотя Финляндия католическая страна, а тут стали все православные. И больше никогда никаких финнов в роду после того исхода лет 300 назад не было, род обрусел.

Жаль, что нельзя такой же фокус провернуть по линии маминого отца, другого дедушки, там как раз мужская линия прервалась - дедушка был единственным сыном, и у него родилось две дочки, и теперь ни у кого нет той Y-хромосомы, по которой можно проследить происхождение этой ветки вглубь на сотни и тысячи лет.

А в целом мы оказались совсем без примесей - Восточная Европа 72% (скорее всего, это даже не славяне, а еще более древнее определение кровей, типа угро-финны. Хотя финны выделяются в отдельную категорию), Западная и Центральная Европа (это видимо кельты) - 21%.
Финляндия <2%
Ближний восток (West Middle East) <2%
Северная Азия <1%
Южная Европа <1%
И всё. Никакой Африки, никакой еврейской крови


(пятно на карте, конечно, должно захватывать и европейскую часть России - отличать славян по нациям они не научились пока)


Ну и кроме того, из тех древних захоронений (типа 5 тыс. до н.э.), где в костях нашли ДНК, похожую на мою, выяснилось, что я на 50% Hunter (на что муж сказал: это мы тоже заметили), хотя туда же входит собирание ягод, 38% - землепашец, 12% - добытчик металла (это как раз из захоронения близ Самары, остальные из Европы).




Анализы по совету участников профессионального форума сдавала на FT DNA

Здесь я расспросила про всё:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,10486.0.html

Есть тест Faimly Finder - он самый интересный и недорогой для широкой публики (картинки выше оттуда)

Можно еще сдать mtDNA - по ДНК митохондрий, которые передаются по материнской линии (ну, то есть у моего брата есть такие митохондрии от мамы, и он его тоже мог бы сделать, но детям своим эти митохондоии не передаст. то есть это информация вглубь мама-бабушка-прабабушка и т.д.). У меня этот тест выдал соответствие только с одним человеком из всей базы FT и то дальнее, я была разочарована, никакой инфы не удалось выудить.
Это в том числе и потому, что россиян пока сдало 7000 человек этот тест. Чем больше будут сдавать, тем больше будет выясняться.

Также можно заказать анализ по Y-хромосоме вглубь по мужской фамильной линии. Это могут сдавать только мужчины (я попросила брата). Понятно, что это даст информацию только по одной тонкой веточке, но все равно ведь интересно (как у меня и получилось). Правда, вначале было совсем непонятно, как интерпретировать результаты, но мне помогли на форуме.

----------------
Один из самых полезных советов:
Исходя из начальных условий:
250 $, желание узнать как можно больше про своих предков и про своё "здоровье" (предрасположенности к болезням и т.п.).
Я бы на вашем месте делал так:
1. Заказываю у FTDNA тест Family Finder для себя (сейчас это 59$ - 5$ скидочный купон+13$ доставка = 67$). Жду результатов и получаю список предполагаемых родственников из обширной базы FTDNA. Заливаю свои данные на gedmatch.com (бесплатно). Получаю там также список возможных родственников, но немного в измененном варианте (с добавлением из протестированных в других лабораториях). И там же получаю то, о чем Вы писали в пункте 2.
Заливаю свои данные на Promethease.com (плачу 5$) и получаю выжимку по здоровью. Итого 67+5=72 $
Остается 250-72=178$
Беру из кармана еще 13 долларов и
2. Заказываю также тестовый набор и брату. Через какой-либо проект заказываю тест Y12 (59 $ - 20 скидочный купон +13 доставка = 52$). Заказываю также тест mtFull Sequence (169$-30$=139$).
Итого 139+52=191$

тест mtFull Sequence - полнейший тест по митохондриальной ДНК .
Из Y37 - узнаю отцовскую гаплогруппу и думаю нужно оно мне дальше или нет . Если нужно - заказываю апгрейды исходя из своих дальнейших желаний и возможностей.
------------

Для ознакомления с темой:
Я делал за границей (в Англии) в компании 23andMe. Члены моей семьи тоже делали генетический тест, но в России (компания Атлас). Кажется, в России есть какая-то проблема с пересылкой биологических образцов за границу, поэтому просто сделать здесь 23andMe не получится. При этом 23andMe делает сами тесты в США в любом случае (мою пробирку я посылал в Нидерланды, а оттуда они скопом посылались в штаты).

В обоих случаях надо было наплевать в пробирку (достаточно много надо плевать), потом она закрывается и смешивается с какой-то предохраняющей жидкостью для транспортировки. Затем эту пробирку надо послать на анализ по почте.

В тесте 23andMe онлайн показывают всю информацию. Там есть следующие категории. То есть определяют Ашкенази, иберийцев и сардинцев, но, например, немцы и французы в одну категорию попадают. Также вся Восточная Европа - это одна категория. Я думаю это связано с перемешанностью генов в данных населениях. Ещё может быть связано с выборкой тех людей, на которых они учились различать принадлежность ДНК к определённым группам. Кроме того, там выдают принадлежность к группам с тремя уровнями доверительности (Speculative, Standard, Conservative), соответсвтенно в последнем случае большАя часть будет в категориях "Unassignied" и "Broadly ...", то есть когда они могут сказать, что эта часть, например, из европы, но не понятно, откуда именно. Вот их классификация (напротив каждой категории будут стоять проценты).
В ответ на:


European
-Ashkenazi
-Eastern European
-Northwestern European
--British & Irish
--Finnish
--French & German
--Scandinavian
*Broadly Northwestern European
-Southern European
--Balkan
--Iberian
--Italian
--Sardinian
*Broadly Southern European
*Broadly European
East Asian & Native American
-East Asian
--Chinese
--Japanese
--Korean
--Mongolian
--Yakut
*Broadly East Asian
-Native American
-Southeast Asian
*Broadly East Asian & Native American
Middle Eastern & North African
-Middle Eastern
-North African
*Broadly Middle Eastern & North African
Sub-Saharan African
-Central & South African
-East African
-West African
*Broadly Sub-Saharan African
South Asian
Oceanian
Unassigned




Помимо этого есть секция генетических болезней и риск-факторов, повышенный риск каких-то болезней и возможные реакции на определённые лекарства. Плюс, они дают список черт и вероятность, с которой они присущи вам (например, у меня нет "Alcohol Flush Reaction", то есть я не краснею, когда выпиваю, у меня есть способность чувствовать горькое, и 10% шанс, что я блондин). Там штук 30-40 таких черт.

Ещё рассказывают про материнскую (по митохондрии) и отцовскую (по Y-хромосоме) линии ДНК, к какой гаплогруппе они принадлежат. Можно сравнить с гаплогруппами нескольких известных людей. Говорят ещё процент ДНК неандертальца в теле (в среднем у людей он 2.7%).

Наконец, есть раздел с родственниками. Он показывает, какой процент ДНК совпадает, и насколько близкое у вас родство. У меня там несколько сотен дальних родственников, но в основном они реально дальние. С теми людьми, которые установили это в настройках, можно связаться. Я благодаря этому сайту нашёл одну родственницу, с которой у меня общие прапрародители (мы смогли общих родственников распознать после разговора, благодаря фамилии моей прабабушки). К сожалению, не все дают возможность связаться в настройках. У меня, например, есть троюродная сестра в системе, которой я не могу послать сообщение. В целом, есть возможность выбирать, какой информацией и с кем ты хочешь делиться.

Наконец, там есть раздел, где можно скачать свою ДНК (она занимает несколько мегабайт), если вдруг вы умеете с ней что-то делать или хотите куда-то её послать. Кроме того, там можно почитать всякие исследования на эту тему и обсудить это в форуме. В разделах по ссылкам тоже обычно можно узнать более конкретно про заболевания, гаплогруппы и прочие вещи.


В российской системе Атлас вместо этого присылают отчёт на примерно 150 страниц. Там также расписаны болезни, предрасположенности, черты, процент неандертальца и другие вещи, но набор несколько другой. Там, например, рассказывают, как усваиваются разные витамины и вещества в организме, и в целом рассказывается, что все эти числа значат. Дают какие-то индивидуальные рекомендации. Генетический состав там тоже показан, но более грубо, чем в 23andMe, как мне кажется. Там показывается 8 главных категорий, которые присутствуют у конкретного человека (например, "Европа", "Западная Сибирь" или "Средний Восток"). С помощью этой системы, кажется, нельзя искать родственников. Ну и они не подсоедины к базе данных 23andMe (по крайней мере, я своих родственников там не нашёл после того, как они сдали тест).

Я делала через FT DNA (он ходит в Россию)
----------------------

И для большего погружения рассказ:

Я делал тест в 23andme года 2 назад, тогда он еще стоил 99$ за штуку, родственники тоже там.
Алгоритм таков:
1. Заказываешь киты, раньше они не приходили в Россию (как щас не знаю), использовал шипито.
2. Как киты приходят домой - плюешь в пробирку.
3. Далее отправляешь назад, я использовал EMS, в таможенной декларации пишешь что нить типо "образец товара" или на что фантазии хватит, ни в коем случае не "слюна" или "биоматериал". Все киты прошли российскую таможню без проблем.
4. Через пару недель получаешь результат анализа, там можно скачать как сырые данные так и таблицу сравнения с распределением SNP известных национальностей и этнических групп. Также у них есть таблица с потенциальными родственниками, среди тех кто тоже сделал анализ. Эта фитча сделана по принципу социальной сети, можно добавляться в друзья, шарить геном и т.п.
Фитча реально самая полезная, по ней я вычислил не зная заранее место рождения прадедушки, просто анализируя географические теги своих предков которые ставили мои потенциальные n-юродные братья.

Попробую привести такую аналогию чтобы было понятно, что такое SNP и как все это работает: представьте что в мире есть только одно издание Войны и Мира, которое размножают перенабором текста копий. Естественно, те кто перенабирают делают ошибки. Поэтому копии слегка отличаются одна от другой. Исследователи решают выяснить, какие копии от каких общих предков происходят, для этого они изучают доступные им копии и составляют таблицы вида:

страница 234, строка 12, слово 5: в 15% книг это слово карова, в 85% слово корова
страница 453, строка 2, слово 11: в 40% книг это слово конь, в 60% слово кинь

Вот эти различия назовем... однобуквенными различиями. Каждое такое различие характеризуется своим уникальным местом в книге, и собственно, процентами встречаемости. Также эти различия могут влиять на смысл прочитанного, ингда почти никак (скажем карова - это явная опечатка), ингода сильно (конь и кинь разные слова).
Теперь, если мы взяли некоторое количество книг и проверили их на такие различия, для каждой книги мы можем записать вектор этих различий. Далее мы можем задать ф-цию расстояния между двумя книгами. После этого мы можем их кластеризовать, делать иерархическую кластеризацию, искать общих предков, искать с какой книги эта книга была списана и т.п.

Теперь вернемся к нашим форумчанам. У форумчан букв в генетическом коде не 33 а 4, но и книга сильно длиннее чем творение Льва Николаевича. Поскольку "буквы" генетического кода являются особого вида химическими соединениями, их называют нуклеотидами, а подобные различия - однонуклеотидными полиморфизмами (single nucleotide polymorphism: SNP). И люди размножаются не простым копированием а в ходе более интересного процесса, что также накладывает свой отпечаток - у нас, большая часть генетического кода представлена двумя "книгами" (да, да RAID-1). "Книга' поделена на тома под названием хромосомы. У каждого форумчанина есть 22 пары "обычных" хромосом, и либо две особые "женские" хромосомы XX, либо одна "женская" и одна "мужская" хромосома XY (последствия такого разделения можно наблюдать в разделе Love&Sex). Однако в ходе дискуссий в разделе Society, форумчане часто утверждают, что у их оппонентов имеется дополнительная копия 21-й хромосомы, однако это только теория.

23andMe в качестве "сырых" данных представляет специальную таблицу вида:

rs307377 1 1269554 CC
rs3855955 1 1276077 AG



Здесь первая колонка - идентификатор SNP вторая - номер хромосомы, третья - позиция этого конкретного SNP на хромосоме, и четвертая - собственно ваш вариант гена.
Как я уже говорил, букв в алфавите у нас всего 4: [A,G,T,C], однако есть еще случаи инсерции и делеции - то есть когда одной буквы нет или же влезла другая буква не в тему. Они обозначаются символами I и D.
Если мы возьмем реальные сырые данные 23andme и построим множество всех возможных значений колонки 4, мы получим следующее:
code:

set(['AA', 'II', 'AC', 'GT', 'I', 'G', 'AG', 'DI', 'CC', 'DD', 'CG', 'C', 'T', 'GG', '--', 'A', 'AT', 'D', 'TT', 'CT'])


здесь — - это просто отсутствие качественного сигнала, это нам неинтересно, гораздо интереснее парные значения, и одиночные значения. Как я уже говорил, соматических хромосом у нас по 2 штуки, соответственно из каждой мы берем по букве. Откуда тогда берутся одиночные значения? Я упоминал выше, что у мальчиков половые хромосомы представлены в варианте XY а у девочек XX. Поскольку 23andMe анализирует только X хромосому у меня в этой колонке стоит только одно значение.

Однако есть и другой источник "однобуквенных" полиморфизмов. Дело в том, что в наших клетках присутствуют древние как г... мамонта, нет, пардон гораздо! более древние элементы называемые митохондрии. Сейчас они обеспечивают клетку энергией, но, согласно самой популярной гипотезе, раньше они были самостоятельными организмами, а сейчас уже не могут существовать без материнских клеток. Однако они обладают собственной! ДНК (правда только частью от того, что надо) и собственной системой для синтеза белка. В общем такие островки сепаратизма и импортозамещения внутри клеток. Для нас они интересны потому-что их количество в яйцеклетках на порядки выше, чем в сперматозоидах (+ в сперматозоидах они распадаются после оплодотворения). Поэтому вся митохондриальная ДНК наследуется только по материнской линии. Соответственно, используя митохондриальную ДНК можно определять предков по материнской линии.

Теперь самое интересное, предположим вы сделали анализ, скачали данные, наигрались со стандартными фитчами в 23andMe и хотите самостоятельно исследовать ваш геном. Для этого можно воспользоваться сайтом http://www.snpedia.com/index.php/SNPedia, который позиционирует себя как википедия для SNP. Ищите интересный вам SNP, например Rs4988235 - восприимчивость к лактозе (молоку), читаете описание, ищите его в своем файле с данными и радуетесь, ну или огорчаетесь если вам достался неудачный вариант.

Еще бывает весело, когда вы читаете новости с заголовком "Британсике ученые определили что склонность к пению в душе обусловлена генетически", затем ищите оригинальное исследование, находите нужный SNP и выясняете поете ли вы в душе.
Tags: interesting, отцы-дети
Subscribe

Recent Posts from This Journal

  • веселая утилизация

    Бывает так - собираешь кирпичики, чтоб построить в итоге дом, в данном случае написать в жж пост, а время идет, и нет ни возможности написать, ни…

  • трудная жизнь

    Всё время приходится думать, но всё равно что-нибудь идет не так. Допустим, взяла зонтик короткий - на случай если дождь прекратится после массажа,…

  • Чтиво

    Очень интересное интервью у гуру сценаристов Роберта Макки. "В таких длительных произведениях, как, например, сериал «Во все тяжкие», появляются…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

  • 0 comments